Kunnanvirastoa johtaa kunnanjohtaja virastopäällikkönä alaistensa osastopäällikköjen avulla. Kunnanjohtaja vastaa kuntayhtiöiden ja yhteisöjen konserniohjauksesta, kunnan elinkeinotoimesta ja yhteistoiminta-alueen omistajanohjauksesta ja valvoo päätösten täytäntöönpanoa ja lautakuntien päätösten laillisuutta.
Kunnan hallinto-organisaatio on jaettu neljään osastoon, joita johtavat kunnanhallituksen alaiset osastopäälliköt alaistaan henkilöstöä apuna käyttäen:
- hallinto-osasto, osastopäällikkönä hallintojohtaja
- lomatoimen osasto, osastopäällikkönä lomituspalvelujohtaja
- tekninen osasto, osastopäällikkönä tekninen johtaja
- sivistysosasto, osastopäällikkönä sivistysjohtaja
Osastot on jaettu tulosalueisiin. Tulosalueet muodostuvat tulosyksiköistä. Osastopäällikkö päättää osaston työskentelystä ja sisäisestä työvoiman käytöstä.
Kunnan johtoryhmään kuuluvat kunnanjohtaja sekä osastopäälliköt:

Toholammin kunnan organisaatiokaavio:
Lomatoimen organisaatiokaavio: